Les applications concrètes de la biotechnologie


M. Jean-Yves Trosset, directeur

du laboratoire Birl de l’école Sup’Biotech

Nous avons rencontré Jean-Yves Trosset, Responsable Projets Bio et Chimie Informatique à SUP’Biotech. Il nous a informés de l’évolution des études menées sur la malaria et le paludisme avec les outils de la biotechnologie. Son parcours professionnel l’a conduit en Italie où il a ou découvrir et expérimenter les méthodes de recherche italiennes. M. Trosset nous a fait part de son analyse sur les différences entre l’Italie et la France dans le domaine de la biotechnologie industrielle.

Pouvez- vous nous parler de votre parcours ?

J’ai fait un stage doctoral aux Etats Unis, à l’université Cornelle, où j’ai travaillé sur les interactions des protéines dans le domaine cardiovasculaire. En 1999 j’ai obtenu un poste prés de Milan, à la Société Pharmacia qui s’appelle aujourd’hui Nerviano Medical Science.

Quel souvenir gardez-vous de l’Italie ?

Quand on pose cette question à un chercheur étranger qui se rend en Italie, la première réponse est toujours la même : « la gente ! » Au de là des aspects professionnels, les étrangers aiment l’Italie en général. Tous les étrangers aimèrent bien travailler en Italie et, quand ils

ont la possibilité, ils y vont tout de suite. S’il y avait les structures réceptives adaptées, le flux des étrangers serait plus consistant

Concernant la recherche, qu’est-ce qui différencie la

France et l’Italie ?

L’Italie est un pays artistique et créatif et j’ai pu remarquer cet aspect aussi dans mon domaine. J’ai constaté une très grande complémentarité entre la façon

créative de travailler des italiens et le ‘’management’’ anglo-saxon, c’est-à-dire plus transversal que hiérarchique. De plus, le niveau de préparation des chimistes en Italie est très élevé.

Quelles sont les applications pratiques de la

Biotechnologie ?

Les deux grands domaines de la Biotechnologie sont l’informatique et l’ingénierie métabolique. En d’autres termes, comment utiliser les micro-organismes pour

dégrader les polluants ou pour synthétiser les petites molécules d’intérêt thérapeutique. La biotechnologie trouve une application aussi dans l’environnement et dans l’agroalimentaire, avec des études menées sur l’utilisation de microorganismes pour dépurer des eaux polluées.

Quels sont les échanges entre la France et l’Italie ?

De nombreuses collaborations industrielles se sont établies entre les deux pays. En Italie il y a des centres de production pour synthétiser des médicaments contre le paludisme. En outre, chaque année beaucoup de chercheurs italiens viennent en France pour poursuivre leurs études dans des établissements spécialisés.

Comment se situe l’Italie au niveau scientifique ?

L’Italie a une grosse marge de progression dans ce domaine. Je prends comme exemple le secteur de l’art. L’Italie en est une référence universelle. Mais ce n’est pas le cas dans les sciences, même s’il y a beaucoup de petits laboratoires et sociétés. Les italiens ont une bonne mentalité entrepreneuriale, qui a juste besoin d’être développée.

Actuellement quels sont vos projets ?

Je travaille dans le domaine de la biologie informatique, une science qui analyse les donnés biologiques pour en tirer les informations nécessaires à la recherche expérimentale. C’est un outil qui va servir à différentes branches de la biotechnologie. Un des mes projets est la

recherche des petites molécules pour soigner la malaria.

Je travaille sur des outils de chimie-informatique et de modélisation moléculaire pour identifier des précurseurs de médicament à partir de fragments de médicaments connus pour les autres aires thérapeutiques. Je travaille aussi dans la conception de modèles logiques pour étudier la régulation du métabolisme.

Danilo Ceccarelli

SUP’BIOTECH

66, rue Guy Moquet - 94800 Villejuif – France

Tél. : +33 (0)1 44 08 00 90 - Fax : +33 (0)1 44 08 00 99

Après sa thèse de doctorat de l’Université Paris VI, effectuée au

laboratoire du Prof. J. Garnier à l’INRA Jouy-en-Josas, Jean-Yves

Trosset a rejoint le groupe du Prof. H.A. Scheraga à l’université de

Cornell (1993-1999) ou il développe un logiciel de modélisation

moléculaire PRODOCK spécialisé dans l’étude des interactions

protéine-protéine. Dr. Trosset a fondé une société de consultant

Noveron Sarl-co-KG pour la recherche in silico de molécules

d’intérêt thérapeutiques pour les biotechnologies.

Principales publications

- Trosset J-Y, Vodovar N., Structure-based target druggability assessment. Meth.

Mol. Biol., 986, p.141-164, (2013).

- El Hamadi A., Moutoussamy J., Carlinet, E., Trosset J-Y, Enzyme classification

using 3D signature of Protein Binding site. – JOBIM Symposium. (2011).

- Giordanetto F., Cotesta S., Catana C., Trosset J-Y., Vulpetti, A., Stouten W.P. ,

Kroemer R. T., Novel scoring functions comprising QXP, SASA and protein sidechains

entropy terms. J. Chem. Inf. Comp. Sci., 44, p.882-893, (2004).

- M. Fasolini, X. Wu, M. Flocco, J-Y. Trosset, U. Oppermann, S. Knapp, Hotspots in

Tcf4 for the interaction with b-catenin. J. Biol. Chem. (2003), 278, p. 21092-21098.

- L. C. Roisman, J. Piehler, J-Y. Trosset, H. A. Scheraga and G. Schreiber, Structure

of the interferon-receptor complex determined by distance constraints from

double-mutant cycles and flexible docking, Proc. Natl. Acad. Sci., 98, pp 13231-

13236 (2001).

- Trosset J-Y. and H. A. Scheraga, Flexible docking simulation: A Scaled Collective

Variable Monte Carlo Energy Minimization approach using Bezier splines: Comparison

with standard Monte Carlo Algorithm. J. of Comp. Chem. 20, 244-252 (1999).


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